Din il-Kummissjoni twaqqfet għall-ewwel darba bħala kummissjoni interdjoċesana dwar “Il-Knisja f’Malta u l-Komunità Ewropea” b’Digriet ta’ Mons. Arċisqof Ġużeppi Mercieca tat-13 ta’ Awissu 1993 bl-għan li tistudja u tirrapporta lill-Isqfijiet ta’ Malta u Għawdex, dwar: (a) kif l-eventwali dħul ta’ Malta fl-Unjoni Ewropea jista’ jolqot il-Knisja u l-ħidma tagħha fost il-poplu Malti; u (b) il-kontribut li, b’sens ta’ solidarjetà il-Knisja f’Malta tkun tista’ tagħti lill-Knisja u lis-Soċjetà in ġenerali fl-UE. L-ewwel President tal-Kummissjoni kien Monsinjur Fortunato P. Mizzi. Fl-24 ta’ Novembru 1997, l-isem tal-Kummissjoni nbidel għal dak preżenti waqt li l-għanijiet ġew definiti mill-ġdid biex tinkludi istituzzjonijiet oħra Ewropej bħall-Kunsill ta’ l-Ewropa.
Il-Kummissjoni tagħti l-pariri meħtieġa lill-isqfijiet, tgħin lill-Knisja f’Malta tifhem aħjar dak li jkun għaddej fl-Unjoni Ewropea mil-lenti nisranija u tagħraf tisfrutta opportunitajiet li jeżistu fl-UE għall-Knisja, l-istituzzjonijiet u l-għaqdiet u movimenti tagħha. Il-Kummissjoni tikkoordina wkoll s-sehem li l-Knisja f’Malta u Għawdex tagħti fil-Forum Malta fl-Ewropa mwaqqaf mill-Gvern biex jikkonsulta mas-soċjetà ċivili fit-tfassil tal-politika Ewropea u tal-liġijiet Ewropej.
Il-Kummissjoni tieħu ħsieb ukoll is-sehem tal-Knisja f’Malta u f’Għawdex f’istituzzjonijiet tal-Knisja fl-Ewropa b’mod partikolari fil-Kummissjoni tal-Konferenzi Episkopali ta’ l-Unjoni Ewropea – COMECE. F’April ta’ l-2004, il-Konferenza Episkopali Maltija saret membru tal-COMECE waqt ċelebebrazzjoni mill-Knejjes fl-Ewropa li saret f’Santiago de Compostella.
